W 1494 i 1529 roku katolicka Hiszpania i Portugalia podpisały traktaty, które podzieliły między nie terytoria Nowego Świata. W obawie przed inwazją katolickiej Hiszpanii na protestancką Anglię, Anglicy połączyli siły z Holendrami (również protestantami) w wojnie przeciwko imperium hiszpańskiemu i oba kraje wysłały flotę pięciu statków, aby przełamać katolicki monopol Hiszpanii i Portugalii na handel w Azji.

„Shogun” rozpoczyna się wraz z przybyciem Erasmusa, ostatniego pozostałego statku floty, do feudalnej Japonii w 1600 roku. Nieliczni ocalali członkowie załogi Erasmusa, w tym brytyjski nawigator John Blackthorne, byli pierwszymi holenderskimi i angielskimi żeglarzami, którzy dotarli do Japonii. Chociaż nikt z załogi nie mówił po japońsku, Blackthorne (który później stał się znany jako Anjin) znał portugalski i łacinę.